一、分包商在项目执行过程中的地位问题
从道理上讲，在项目的执行工程中，分包商应该完全服从项目承包商的意志，因为他们是从承包商那里得到工作回报，并且他们在工作上是向承包商负责，而不是向业主负责，出现的任何问题最终都是由承包商向业主负责。但是在很多问题上，分包商基于他们对国内情况的了解，以及他们对国内其它单位所开发的管理系统的情况比较熟悉，他们往往能够提出一些令业主更感兴趣的意见或方案，而这些意见或方案很可能会遭到承包商的反对。承包商反对这样的意见或建议有时侯并不是觉得这些意见不对，而是这样做的结果很可能会打乱他们的整个计划和进程。要知道国外项目管理人员的成本意识和计划意识是非常强的，一经制定并且得到批准的计划不会轻易改变。对上面这种情况，如果业主的立场很坚决的话，承包商一般也会服从，问题是如果经常出现这种情况，必然会给项目带来变更或索赔的后果，并且严重影响合同的正常执行。
二、分包商人员的待遇对业主员工的影响
分包商工作人员以及那些直接受雇于承包商的当地人员的工资待遇一般都要显著地高于业主同等级的员工，这种情况的存在对业主参与系统建设的员工的工作积极性构成了较大的影响，也许是同一所大学同一年毕业的同班同学，由于受雇于不同的公司，受到了完全不同的对待。在有些人看来，这实际上反映了对个人价值的不同尊重程度。更糟糕的情况是，企业花费了大量金钱培养的一些信息技术方面的人才，在他们掌握了足够的技术，积累了足够的资历和经验的时候，外界的诱惑以及对个人处境的不满迫使他们作出辞职的选择，而且有时他们选择此举的时间正是企业极端需要他们的时候，如果是集体辞职的话，完全可能使整个企业好不容易推行起来的信息化建设进程走向夭折。
三、分包商数量的控制问题
软件的开发强调标准和规范性，在开发过程的不同阶段，在开发方式和步骤上应该追求一致性和连贯性，承包商应该选择相对比较固定的软件开发合作伙伴，不应该由于意见不一致或其它原因，随意更换分包商，尤其是比较受业主欢迎的分包商。分包商数量的增加不仅会降低生产率，减缓工作进程，更重要的是可能会增加未来系统的维护工作量，因为不同的人具有不同想法；同样，不同程序员有不同的编程习惯，虽然在当时看来系统功能的确达到了功能说明书中规定的要求，但实现的方式有可能完全不同。除此以外，对于拥有软件产权（版权）和大量的企业机密的业主来说，分包商过多可能会带来一些安全保密方面的问题；因此业主应该加强对承包商进行分包的管理。一般的做法是，承包商在选择任何分包商时必须事先取得业主的同意。
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